Примирение 1997

27 июня 1997 года в Кремле на девятой по счету встрече между представителями противоборствующих сторон (Правительством РТ и Объединенной таджикской оппозицией) при посредничестве ООН было подписано окончательное мирное соглашение. Президентом Таджикистана (по результатам президентских выборов 1999 года) остался сторонник светского правления Эмомали Рахмонов, однако оппозиция получила места в парламенте, административные должности, директорские посты на различных крупных предприятиях, а рядовые бойцы сил оппозиции вошли в состав армии. Начался процесс возвращения беженцев из Афганистана. С 1998 года 27 июня является государственным праздником «День национального единства». Постановлением национального парламента этот день объявлен нерабочим.

После примирения обстановка в стране постепенно стабилизировалась. Продолжал вести вооружённую борьбу полевой командир Махмуд Худойбердыев, контролировавший Курган-Тюбе. В 1998 году город был взят под контроль правительственными войсками. Сам полевой командир погиб при невыясненных обстоятельствах в 2001 году, но доказательств его гибели до сих пор нет.

Малые группы, не подписавшие соглашения, продолжали сопротивление и в 2009 году, в частности отряд Мулло Абдулло контролировал труднодоступные районы.

В последующие годы противники правительства Эмомали Рахмона пытались организовывать вооруженные мятежи — в ноябре 1998 года во главе с Махмудом Худайбердыевым, в 2010 году Мирзо Зиёевым и в 2011 году Мулло Абдулло, однако эти попытки не увенчались успехом, они были разгромлены усилиями силовых структур Таджикистана.